1. membimbing perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang berakar di Indonesia agar dapat dimanfaatkan bagi kesejahteraan rakyat Indonesia pada khususnya dan umat manusia pada umumnya.
2. mencari kebenaran ilmiah di mana kebebasan ilmiah, kebebasan penelitian serta kebebasan mimbar diakui dan dijamin, sepanjang tidak bertentangan dengan Pancasila dan UUD 1945
3. mempersiapkan pembentukan Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia (sejak 1991, tugas pokok ini selanjutnya ditangani oleh Menteri Negara Riset dan Teknologi dengan Keputusan Presiden (Keppres) No. 179 tahun 1991).
Seiring perkembangan kemampuan nasional dalam bidang iptek, lembaga ilmiah di Indonesia pun mengalami pertumbuhan dan perkembangan. Menyikapi hal tersebut, peninjauan dan penyesuaian tugas pokok dan fungsi serta susunan organisasi LIPI terus dilakukan.
Di antaranya, penetapan Keppres No.128 Tahun 1967 tanggal 23 Agustus 1967 diubah dengan Keppres No.43 Tahun 1985. Hal tersebut masih disempurnakan lebih lanjut dengan Keppres No. 1 Tahun 1986 tanggal 13 Januari 1986 tentang Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia. Terakhir, penyempurnaan dilakukan dengan penetapan Keppres No. 103 Tahun 2001.